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【前沿速递】微生物新技术进展介绍

2022-05-06 11:31

作者殷冠坤马帅王知任

什么是弹幕样式？

这个样式可以在公众号里随意“漂浮”，给读者一种耳目一新的感觉。如果你也觉得很新奇有趣，可以来尝试一下“漂浮”的感觉。

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▲ 2022年2月发表在生物信息学简报上的文章，主要内容为应用宏基因组测序实现感染性体液菌株水平的诊断和监测，作者为浙江大学医学院邵逸夫医院的阮陟。

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▲ 该研究介绍了物种和菌株水平的分型方法。

对于物种水平分型：MIST根据每个物种的泛基因组绘制mNGS reads图，并计算物种特异性reads，以估计物种丰度。

对于菌株水平分型：首先将mNGS reads映射到所有参考基因组，然后对比对结果进行打分并聚类成矩阵，随后对矩阵施加最大似然估计，以推断mNGS数据库中每个聚类的最可能丰度。

接下来，量化丰度不确定性以及样本成分与参考基因组的相似性。最后，所有结果都以分层的方式进行了整合和呈现。

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▲ 以大肠埃希菌基因组为例的MIST分层设计。计算全基因组平均核苷酸一致性（ANI）以估计成对基因组之间的遗传相关性，其范围为95%至100%。

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▲ 接着，进行了模拟mNGS数据中的性能评估。发现在低测序深度时，即可达到与真实成分相似的预测结果。在对模拟临床样本进行测试时，发现MIST可以将reads分配给属于同一母体集群的集群，同时提供与集群级别匹配的相似性值。