2022-12-19 15:29
作者 詹明华
12月17日下午，在北京大学人民医院王辉教授和河南省人民医院李轶教授的主持下召开了mNGS本地化论坛。随着宏基因组测序（mNGS）技术越来越多的应用于临床感染的病原学检测，关于mNGS应用的诊断特异性和敏感性出现了不同的争议。本论坛邀请了国内不同专业的mNGS的几位专家，针对mNGS在临床应用时出现的问题，以及mNGS本地化的重要性开展了讲座。
第一位专家是来自北京大学人民医院的陈宏斌教授。陈教授长期从事细菌耐药机制研究和细菌比较基因组学的研究。陈教授从微生物视角详细讨论了mNGS本地化的必要性和重要性。
陈教授在讲座中提到病原mNGS本地化具有较大的优势：
一、能更好的指导临床选择合适的标本进行检测
二、可针对不同可以的病原体选择更合适的核酸提取方式和去宿主核酸方法
三、有利于建立更精准的背景数据库
四、使报告解读更加科学严谨
第二位专家是来自浙江大学医学院附属第二医院的张嵘教授。张教授致力于研究微生物快速检测、环境微生物和临床分离细菌耐药及毒力，将从实验室实践角度详细叙述mNGS本地化过程中的困惑与前行。
首先，张教授从丰富的mNGS临床应用经验出发，总结了mNGS在临床应用过程中遇到的四个困难：
一、标准化场地的问题
二、信息系统完善需要时间
三、与临床更为充分的沟通
四、微生物人员的自我提升
之后，张教授分享了mNGS临床应用的几个经验：在可培养细菌的检测上，针对肺泡灌洗液mNGS检测更有价值的细菌是肺炎链球菌；在难培养微生物的鉴定上更有价值的细菌是军团菌、结核和非结核分枝杆菌，更有价值的真菌是丝状真菌；无特殊情况不推荐尿液mNGS检测；组织标本值得关注。
第三位专家是来自广州医科大学附属第一医院的卓超教授。卓教授是拥有丰富经验的呼吸病学专家，从临床医生视角阐述了mNGS本地化的优势和必要性。
mNGS检测在临床中被质疑的点主要集中于检不出和报不准的问题，mNGS本地化将优化mNGS采样和检测流程，大大缩短样本检测周转时间，提高敏感性和特异性，解决临床对病原检测的精准度、灵敏性和及时性等问题。卓教授还提到，mNGS本地化还有助于提升医院和科室的综合实力，提升经济效益，增加科研产出以及完善人才培养，更切实地实践了国家“十四五”规划中关于精准医疗的战略需求。但是鉴于病原体mNGS技术的复杂性，本地化过程要衡量医院实验室的综合承建能力。该技术的实验流程繁琐，对场地要求高，生信分析难以及质量控制难，医院对mNGS的实施还要求“简、准、快”——即操作简便，结果准确，出具报告快，mNGS的本地化解决方案还需要慎重考量。
第四位专家是来自同济大学附属上海市肺科医院的徐金富教授。徐教授从临床角度对mNGS本地化应用尚存在的问题和难点进行了详细地描述，认为mNGS本地化任重而道远。
徐教授先对mNGS本地化进行了规范化定义：平台建设本地化，人才培养本地化以及服务体系建设本地化。其中，平台建设本地化似乎是最简单的一环，人才培养与服务体系建设还需要长期的规划。mNGS本地化开展的要求包括人才，硬件，软件，规范和监管等多个方面，亟需解决的问题包括实验室建设欠缺，临床应用欠缺以及运行经验欠缺等。接着，徐教授结合在临床中观察到的几个经典的案例，提出mNGS本地化对临床病原学诊断很有必要，但是规范性仍需要有很大的提升。
论坛主持人李轶教授总结，临床医生们在临床病原学诊断中已经逐渐接受mNGS检测技术的临床应用，在mNGS本地化之前，临床一般都采用外送第三方的方式，这会产生很多问题，包括样本检测周转周期以及与临床沟通不充分，报告解读无法回应临床需求等。四位专家的讲座全面的阐述了mNGS本地化应用的必要性，认同mNGS本地化是大势所趋。
论坛版主陈宏斌教授提到，mNGS技术确实能帮助临床解决很多问题，但仍然存在很多不完美的地方，临床实验室和第三方公司仍需仔细打磨mNGS检测和生信分析技术，优化检测流程，使之更稳定、更规范、更容易进行本地化实施。
王辉教授最后总结，mNGS本地化很有必要，但目前很多条件仍不具备，仍需要一小步一小步地摸索前进，希望到下一界京港感染论坛时，各位专家能贡献更新的mNGS本地化的经验，促进我国临床实验室整体mNGS本地化进程。
供稿：詹明华（北京大学人民医院）
审核：陈宏斌（北京大学人民医院）
排版：孙世俊（北京大学人民医院）