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【会议报道】CRE Network赋能训练营

2025-09-20 12:49

作者 王倩

第十四届京港临床微生物与感染学术会议

2025年9月18日上午,第十四届京港临床微生物与感染学术会议在济南召开,设立会前板块 “CRE赋能训练营”。会议由北京大学人民医院王辉教授主持并致辞,她强调训练营旨在推动基因组测序、生信分析、功能实验与流行病学研究的融合,助力全链条监测与临床感控。北京大学人民医院王启老师和山东大学李学文教授受邀担任评论嘉宾。



Part 1  高毒力CRE的形成与检测-张剑锋




第一位讲者是西安交通大学张剑锋教授,以“高毒力CRE的形成与检测”为题发表精彩的报告。张教授报告指出,近年我国通过严格的抗生素管控,使得肠杆菌目耐药率保持稳定。然而,临床中出现了兼具高耐药与高毒力的新型菌株,为诊治带来更大压力。他强调,高毒力CRE的形成与传播机制复杂,主要依赖于克隆扩增及基因水平转移。例如,ST11型耐药分支获得毒力质粒后形成的高毒耐药菌株,已在国内广泛分布,而ST23型毒力分支也开始获得耐药表型,构成潜在威胁。报告中,张教授对“高毒力”定义提出思考,呼吁建立更精细的量化评价体系。同时分享了团队在质粒结合转移、串联拷贝形成及CRISPR-Cas系统回避等方面的最新发现,揭示了耐药与毒力因子如何在不同分支间交替演化。最后,张教授强调需推动检测技术升级,结合分子分型、耐药与毒力基因检测,以区分不同分支,为临床治疗和防控策略提供精准依据。



Part 2  CRE基因组检测视角-阮陟 




第二位讲者是浙江大学医学院附属邵逸夫医院阮陟教授,他围绕CRE基因组学在耐药菌监测中的应用作了报告。阮教授指出,碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌(CRE)已成为全球公共卫生重点关注的高危病原体,亟需系统化的监测与传播机制研究。其团队长期致力于基因组测序与生物信息学工具研发,建立了 BacWGSTdb 平台,覆盖二十余种临床重要病原菌,可实现MLST、cgMLST、SNP溯源及耐药、毒力基因检测,是一站式基因组监测解决方案。研究中,其团队揭示了 OXA-232 ST15 克隆株在中国的聚集性流行特征,并梳理全球CRE数据,发现自2017年以来分离率整体上升,肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌最为突出。社区人群虽然CRE携带率低,但以多重耐药大肠埃希菌为主,提示耐药菌已突破医院与社区的界限,存在跨宿主、跨环境传播风险。阮教授强调,构建覆盖社区、医院与环境的一体化监测网络,是遏制CRE传播的关键,未来团队将结合人工智能与大模型技术,推动耐药性预测与风险评估,助力“同一健康”战略下的全球防控。



Part 3 高水平CRE 研究论文思路分享-李瑞超 




第三位讲者是扬州大学兽医学院李瑞超教授,他作题为“高水平CRE研究论文的思路分享”的报告。李教授长期聚焦“One Health链条”下的细菌耐药传播,强调耐药不仅威胁临床治疗,也通过养殖与食品链条影响公共健康。报告中,李教授分享了课题组的多项研究成果:在活禽市场,团队发现NDM耐药菌高频传播,提示其为人-动物-环境交互的重要风险点;在ICU病人和健康人群的CREC研究中,临床分离株耐药与毒力基因负载明显高于健康人群,提示存在交叉传播风险;通过分析全球7,000余株CREC基因组,系统揭示了不同酶型和克隆型的进化规律,并指出融合质粒在耐药基因整合与稳定性中的关键作用;产碳青霉烯耐药柠檬酸杆菌中ST22型为主要流行克隆,常携带多种耐药基因,并通过融合质粒形成多重耐药。李教授总结,CRE传播贯穿多个生态位,需通过长读测序与机制研究,推动人-动物-环境一体化防控。



Part 4 CRE 基因组数据质控及分析流程-王萌 




第四位讲者是北京大学人民医院王萌副教授,他以“基因组数据质控及分析流程”为题,介绍了CRE全基因组分析的关键环节。王教授指出,随着测序成本下降,快速获取高质量数据已成为可能,但可靠的拼装与分析仍是核心。报告强调了数据质控的重要性,推荐使用fastp、fastplong等工具;在组装方面,二代常用SPAdes,三代可用Canu、Flye,混合组装则推荐Autocycler并辅以二代校正,结果需通过checkM评估。功能注释层面涉及分型、耐药与毒力基因检测及可移动元件识别,常用工具包括MLST、Kaptive、ECTyper及CARD、VFDB数据库,并介绍了abricate与自研工具VRprofile。最后,他总结了泛基因组与核心SNP分析、系统发育推断及BEAST分子钟分析的应用。整体报告展示了从数据获取、处理到群体层面解析的完整路径,为CRE的耐药机制研究和流行病学追踪提供了系统化思路。



王辉教授发表总结发言指出,本次会议不仅是学术交流,更是各位同道互相支持和激励的平台。随着越来越多学者投入CRE研究,训练营将持续举办,推动共同进步。他还介绍了团队开发的宏基因组分型软件,可基于二代、三代测序快速解析CRE特征。最后感谢各位专家和老师的参与,并邀请大家积极参加后续分会场学术交流。


供稿:王倩(北京大学人民医院)

审核:王启(北京大学人民医院)

排版:魏昭慧(北京大学人民医院)