结核病的治疗方面有很多相互矛盾的意见,主要是因为强有力的证据不足。治疗指南已经由世卫组织、国际抗肺结核和肺部疾病组织和许多国家编制,这些不同的指导方案呈现多样性(见补充附录表S2)。在本节中,我们提出一些缺乏共识的领域。

治疗耐药性结核病

只耐异烟肼结核病的治疗建议多种多样但都相似，所有指南建议方案的组成包括利福霉素、乙胺丁醇和吡嗪酰胺,有或没有氟喹诺酮类,持续6到12个月。没有异烟肼耐药性，利福平耐药是罕见的,但九个月的异烟肼、吡嗪酰胺和链霉素已被证明是有效的，然而,完成9个月的注射治疗对病人来说是很困难的。临床经验的基础上也推荐一个18个月的方案，由异烟肼、吡嗪酰胺和乙胺丁醇,包括或不包括氟喹诺酮类的组成。世卫组织和一些国家建议方案，即使在单独耐药病例(即利福平耐药)肺结核使用多重耐药结核病的治疗方案,因为基于GeneXpert测试，许多结核病病例对利福平耐药，但对其它药物敏感性未知。如果分离菌是对异烟肼和吡嗪酰胺敏感,可以使用疗程更短和毒性更少的治疗方案。对多重耐药结核病,所有接受调查的国家指导方针都建议药敏试验结果基础上的个性化方案。WHO和Union建议当药敏结果不可用，可以使用经验方案(基于国家药物敏感流行趋势文件)。

治疗结核性脑膜炎

大多数指南建议延长疗程至9到12个月和添加糖皮质激素来治疗结核性脑膜炎患者。对通过增加利福平的剂量或使用包括能渗透到脑脊液的方案来保证足够的药物输送在感染病灶，这点达成的协议更少。